В военный период не прекращалась деятельность ВХО им. Д. И. Менделеева по повышению квалификации научных и инженерно-технических работников и по пропаганде знаний по химии и химической технологии. В 1941 г. прочитано 350 различных докладов, в 1942 г. — около 200, в 1943 г. — около 300. После начала военных действий Общество организовало цикл лекций и докладов по химической защите.
ВХО им. Д. И. Менделеева совместно с Университетом им. Н. Д. Зелинского провело ряд открытых лекций в Москве: «Роль химии в жизни человека, промышленности и войне» (В. М. Родионов), «Химическое нападение в первую империалистическую войну 1914–1918 гг.» (Л. К. Лепинь), «Химия и война» (С. И. Вольфкович), «Угроза химического нападения и современные средства химической защиты» (Г. Ф. Катровский), «Роль биохимии в производстве пищевых веществ и задачи её в условиях военного времени» (А. И. Опарин) и др. В 1942 г. в Москве были организованы десятки докладов по аналогичной тематике.
В годы Отечественной войны учёные не только участвовали в решении вопросов оборонного значения, но и разрабатывали новые теоретические проблемы, обсуждая их на научных диспутах, которые проводились главным образом в Московском Доме учёных и Московском университете. В 1942–1944 гг. в Обществе был проведён цикл докладов по современным вопросам химической науки и промышленности; в качестве докладчиков привлекались крупнейшие специалисты. Значительная работа была проведена секцией высокомолекулярных соединений Московского отделения, организовавшей во время войны курс лекций, привлекших большое число слушателей.
В конце 1943 г. химическая секция организовала отчётную сессию, посвящённую участию ленинградских химиков в обороне и защите города в период блокады. Сессия отметила замечательную деятельность коллектива ленинградских химических заводов и институтов, не прерывавших работу во время всей блокады. Посещаемость собраний была невелика, однако отдельные заседания собирали аудиторию до 50–60 человек. Участники почтили память погибших ленинградских химиков: В. С. Садикова, Э. Х. Фрицмана (многолетний казначей отделения), Б. Г. Тидемана, С. А. Толкачева, А. Ф. Струнникова и др.
Работы ленинградских химиков нашли применение в осаждённом городе: были созданы препараты для борьбы с газовой гангреной (М. В. Гликина), разработана схема питания кислородом больных и получения кислорода в госпиталях (Ю. В. Баймаков), выполнены синтезы ванилина, теобромина и др. (Н. О. Волынкин).
Химическая секция организовала кружок заводских химиков-аналитиков и осуществляла активное руководство работой заводских лабораторий. Члены секции и отделения вели большую просветительскую работу по пропаганде химических знаний в воинских частях, на кораблях и в госпиталях. Так, например, Ю. К. Новодранов и М. Д. Примо в 1942–1943 гг. прочли более 300 лекций, выезжая в расположение воинских частей самых отдалённых участков фронта. С мая 1942 г. по декабрь 1944 г. отделение и химическая секция провели в Доме учёных 24 научных доклада по различным проблемам химии и химической технологии. На заседаниях отделений Общества продолжали докладываться результаты научно-исследовательских работ членов Общества.
За период 1941–1943 гг. в отделениях было заслушано свыше 850 научных докладов, посвящённых теоретическим вопросам современной химии и вопросам использования местного сырья для организации различных химических производств, интенсификации производств и рационализации технологических режимов, получения новых веществ и заменителей, а также аналитического контроля производства. Рефераты многих докладов опубликованы в 1941–1942 гг. в «Научно-техническом бюллетене Всесоюзного химического общества им. Д. И. Менделеева», а позднее — в «Сообщениях о научных работах членов ВХО им. Д. И. Менделеева».
По запросам промышленных предприятий и научно-исследовательских учреждений Общество в 1942–1943 гг. готовило обзоры новостей иностранной химической науки и техники; часть обзоров была опубликована в «Бюллетене Общества».
